A Reitoria da Universidade Federal de Sergipe é o órgão diretivo e executivo máximo da Universidade, ao qual compete administrar os recursos humanos, financeiros e materiais da Universidade, visando alcançar seus objetivos e o aperfeiçoamento e desenvolvimento de suas atividades de ensino, pesquisa e extensão e promover o relacionamento e permanente intercâmbio da Universidade com a comunidade em geral com as instituições congêneres em particular.

Organicamente é constituída pela seguinte estrutura organizacional:

Gabinete do Reitor (GR);
Gabinete do Vice-Reitor (GVR);
Comitê Institucional de Governança (CIG);
Pró-Reitoria de Planejamento e Orçamento (PROPLAN);
Pró-Reitoria de Administração (PROAD);
Pró-Reitoria de Gestão de Pessoas (PROGEP);
Pró-Reitoria de Graduação (PROGRAD);
Pró-Reitoria de Pós-Graduação e Pesquisa (POSGRAP);
Pró-Reitoria de Extensão e Cultura (PROEX);
Pró-Reitoria de Assuntos Estudantis (PROEST);
Pró-Reitoria de Acessibilidade e Ações Inclusivas (PROAI); 
Pró-Reitoria de Equidade Racial e Ações Afirmativas (PROERA);
Superintendência de Tecnologia da Informação e Comunicação (STI); 
Superintendência de Serviços de Infraestrutura (INFRAUFS);
Superintendência de Governança Institucional (SGI);
Superintendência de Comunicação (SECOM);
Coordenações Executivas;
Procuradoria Geral (PGE);
Ouvidoria Geral (OUVIDORIAUFS);
Corregedoria Geral (CORREGUFS);
Órgãos Suplementares, e,
Comissões Permanentes. 

Localização:

Prédio da Reitoria, 1º andar, Cidade Universitária Prof. José Aloísio de Campos, Av. Marcelo Déda Chagas, s/n, Bairro Rosa Elze, São Cristóvão/SE.